Jason Bourne, Amerikas mest ikoniske helt, er tilbake med en spennende og ny historie som utforsker både gamle og nye ferdigheter. Etter at hans kjæreste blir drept i en masseskyting, er Bourne fast overbevist om at det skjuler seg mer bak mordet enn det som er åpenbart. Han mistenker at Treadstone – byrået som formet ham til den han er i dag – har en skjult agenda bak dette fryktelige drapet. Fast bestemt på å avdekke sannheten, forlater Bourne Treadstone og går undercover for å infiltrere en anarkistgruppe kjent som Medusa. Men når en kongresskvinne blir myrdet i New York, blir Bourne uskyldig beskyldt for denne forbrytelsen. Med Treadstone og en mektig teknologikabal etter seg, står han plutselig alene og på flukt. For å navigere gjennom denne livsfarlige situasjonen samarbeider han med journalisten Abbey Laurent. Sammen arbeider de for å avdekke hvem som står bak rammen og å avsløre den stadig voksende trusselen fra den mystiske Medusa-gruppen. Spenningen bare øker idet fler og fler fiender kommer etter dem.