I "Tom Clancy Defense Protocol" heves innsatsen til nye høyder når en maktsyk kinesisk president truer Taiwan i den bestselgende Jack Ryan-serien. Taiwan har i flere tiår vært en kilde til frustrasjon for den kinesiske regjeringen. Som en uavhengig nasjon i verdens øyne, anses det imidlertid som en opprørsk provins av Folkerepublikken Kina. Tidligere regjeringer har forsøkt å erobre øya gjennom økonomisk press og diplomatiske manøvrer, men den nye kinesiske presidenten Li Jian Jun er lei av å leke. Han har utviklet en hemmelig militæroperasjon for å ta kontroll over øya. Bare en mann har kunnskap om hvordan man stopper Lis blodige og gale plan for gjenforening, og det er forsvarsminister Qin Haiyu. For å beskytte sitt eget liv og sin families sikkerhet tar Qin kontakt med CIA i Beijing i hemmelighet og signerer sitt ønske om å søke tilflukt i Vesten. For å redde Qin skaper John Clark en internasjonal task force i stil med Rainbow Six og går undercover i fastlands-Kina. Mens dette pågår, blir løytnant Katie Ryan sendt til frontlinjen.
