Kongen og urmageren tar leseren med til København på slutten av 1700-tallet, hvor vi møter den islandske urmageren Jón Sivertsen. Han er i ferd med å restaurere et unikt, to hundre år gammelt astronomisk urverk som står forlatt i et bortgjemt rom på Christiansborg-slottet. En kveld, til sin store overraskelse, får Jón besøk av kong Christian 7., som fortsatt er den offisielle monarken, men som i realiteten er blitt marginalisert av sin egen sønn, som betrakter ham som ustabil og gal. Kongen vandrer halvfull og rastløs rundt på slottet om natten, og det er i disse sene timene, foran urverket, at han og Jón utvikler et dypt, fortrolig bånd. Jón deler med kongen sin hjerteskjærende historie om sine foreldre, som begge ble uskyldig dømt og brutalt henrettet, med rettsavgjørelse underskrevet av Frederik 5., kongens far. Romanen avdekker en rørende og gripende fortelling om den danske kongemaktens brutale undertrykkelse av det islandske folk, preget av tilfeldigheter og nådeløshet.