Bare timer etter den dramatiske kampen på Forerunner-planeten Genesis, befinner Spartans fra Blue Team og Fireteam Osiris seg på flukt fra de ondsinnede planene til den nå opprørske kunstige intelligensen Cortana. Midt i denne hektiske situasjonen er Spartan Edward Buck uheldig og støter på nye problemer uansett hvor han snur seg. En hemmelig oppdrag, utarbeidet av Office of Naval Intelligence, kan muligens bli nøkkelen til å snu situasjonen, og tvinger Buck til å gå med på å reformere sitt gamle team, Alpha-Nine. Men hvis de virkelig skal gjenforenes, innebærer det at alle er med – inkludert Spartanen Buck aldri ønsker å se igjen, personen som begikk det ultimate sviket av tillit...
