I "Emily the Strange: Dark Times" tar Emily opp et uvanlig og spennende pensum for hjemmet sitt, hvor hun utforsker unike temaer som time travel, avansert spionfotografi og mange flere. Hennes uortodokse kurs inkluderer emner som grunnleggende om hette, storhustantene gjennom tidene og innføring i germeteori. I tillegg lærer hun om stell av 'squito fisk' og fundamentene i Black Rock. Emily dykker også ned i spiderweb broderi, samt historiske og moderne katter. Gjennom pop quizzer tar hun for seg matvarer fra 1790-tallet og teknikker for å håndtere motstridende univers. Gjennom disse emnene vil leseren få en unik innsikt i Emilys mørke og fantastiske verden.
