I "The Exodus Quest" tar faktiske hendelser en spennende vending når vi følger den gåtefulle helten Daniel Knox, fra forfatter Will Adams. På jakt etter en av de eldgamle Dødehavsrullene, støter Knox på et gammelt tempel som blir utgravd i hemmelighet av evangeliske kristne utenfor Alexandria. Denne uventede oppdagelsen fører til en dramatisk jakt som ender i tragedie - Alexandrias seniorarkeolog mister livet, og Knox blir hovedmistenkt. Samtidig befinner Knoxs partner Gaille Bonnard seg i en kritisk situasjon, der hun passer på et filmcrew rundt den eldgamle byen Amarna, kjent for sine mange mysterier knyttet til farao Akhenaten. Når hun blir kidnappet av soldater med egen agenda, sender hun en desperat melding til Knox skjult i en video der hun er fanget, og ber ham om hjelp. Men Knox har sine egne problemer - han er arrestert for mord, innesperret i en politistasjon langt unna. Den eneste måten han kan finne og redde Gaille på, er å løse et av de mange mysteriene som omgir dem.