Sett 25 000 år tilbake i tid, 'Klanen fra hulen' er en episk fortelling om kjærlighet, identitet og kampen for å overleve. Når et jordskjelv ødelegger leiren til familien hennes, blir Ayla foreldreløs og forlatt i et ukjent og farlig landskap, hvor døden virker uunngåelig. Heldigvis blir hun oppdaget av en kvinne fra Kloden, et folk som er svært forskjellige fra hennes eget. For dem ser Ayla både merkelig og stygg ut - hennes lyse hår og blå øyne skiller henne ut som en av 'De Andre', som nylig har invadert deres hjemland. Men Iza, Klans lege, kan ikke bare la barnet dø. Etter hvert som Ayla lærer Klanens skikker, vokser kjærligheten fra Iza, og resten av Klanen begynner å akseptere henne. Alle, bortsett fra Brun, den brutale og stolte ungdommen som er bestemt til å bli deres neste leder, ser på dette med skepsis. Hvor andre ser likhet, kan han bare se forskjeller. Etter hvert som hans hat mot den merkelige jenta fra De Andre forsterkes, blir Brun stadig mer fast bestemt på å få henne bort fra Klanen.