I 1997, tre år etter slutten av apartheiden, møter vi to unge jenter, Leilah og Frankie, som begynner på en ny skole i et samfunn preget av rasemessige skiller til tross for de nye lovene i landet. Leilah, som har blandet bakgrunn, og Frankie, som er hvit, knytter et nært vennskap som både styrker og utfordrer dem i deres personlige reiser. Etter hvert som båndet mellom dem vokser dypere, kommer også skjulte hemmeligheter frem i lyset, noe som tvinger dem til å konfrontere sine forskjeller. Deres nære relasjon brister i løpet av kort tid når de deler sine innerste hemmeligheter, noe som setter vennskapet deres på prøve og fører dem inn i en kompleks virkelighet. "Glass Tower" utforsker temaene identitet, vennskap, og de vedvarende sporene av fortidens urettferdighet.