Tre av fire amerikanere tror at en gruppe ikke-valgte myndighets- og militærfolk hemmeligheten manipulerer eller styrer politikken i USA, og President Trump har skylden på den såkalte 'dype staten' for sin riksrett. I 'In Deep' utforsker David Rohde eksistensen av denne 'dype staten' og stiller spørsmål ved om den faktisk finnes. For konservative representerer 'den dype staten' en statlig byråkrati som krenker amerikaneres rettigheter. Liberale frykter en sammensvergelse av generaler og forsvarsentreprenører som de mener driver landet mot krig. Moderne amerikanske presidenter har vært involvert i maktkamper med Kongressen, CIA og FBI. Direktører i CIA og FBI mistenker hjelpere i Det hvite hus og medlemmer av Kongressen for å lekkasje av hemmeligheter. Samfunnet mister i økende grad tilliten til politikerne, de ikke-valgte tjenestemennene og journalistene som de mener legger premissene for landets politiske agenda. Nå, i en tid med økt usikkerhet, står amerikansk demokrati overfor sin største legitimitetskrise på femti år. 'In Deep' gir et dyptgående blikk på skandalene knyttet til CIA og FBI.