Inca Apocalypse tilbyr en dyptgående utforskning av den spanske erobringen av Inkariket, sett i en global kontekst som tidligere fremstillinger har oversett. Historien har ofte fokusert på den dramatiske dagen i november 1532 da Francisco Pizarro og en liten gruppe spanske soldater fanget en inkakonge, noe som mange har tolket enten som et mirakel eller som et resultat av europeisk teknologisk overlegenhet. Covey utfordrer dette tradisjonelle synet ved å gi en ny forståelse av hvordan den spanske invasjonen og omformingen av Inkariket utspant seg. Gjennom en grundig narrativ fremstilling undersøker han opprinnelsene til både Inka- og spanske imperier, og hvordan troene på verdens undergang i Andesfjellene og på den iberiske halvøya påvirket møtet mellom de to sivilisasjonene. I stedet for å beskrive erobringen som en avgjørende seier på slagmarken i Cajamarca, presenterer Covey erobringen som en kompleks prosess av kulturell kollisjon og transformasjon.
