Under en maltesisk himmel er en gripende fortelling som utforsker temaene krig, kjærlighet og forræderi. Ana Mellor, som ankommer Malta for å bli gjenforent med sin far, som er Wing-Commander, opplever en virkelighet hun ikke hadde forutsett; hun blir hektet inn i krigens grusomheter. Midt i ødeleggelsen av landskapet og livene til innbyggerne, trer motet og motstandsdyktigheten til det maltesiske folk tydelig frem. Ana finner seg forelsket, men intriger og forræderi forstyrrer hennes nyvunne lykke med katastrofale konsekvenser. Samtidig, desillusjonert av Irlands kamp for politisk uavhengighet, forlater Ernie McGuill sitt hjem for å bli med i den britiske hæren. Da krigen bryter ut, gjennomgår han trening som jagerpilot og blir sendt til Malta. På bakgrunn av denne dramatiske settingen veves historiene til Ana, Ernie og mange andre sammen i et nett av forræderi og intriger. Sandheten om deres skjebner avdekkes ikke før mange generasjoner senere, når to kvinner bestemmer seg for å reise til Malta – en reise som vil få uventede og overraskende konsekvenser.
