Boken 'Shogun' tar oss med til begynnelsen av 1600-tallet, hvor et hollandsk skip strandet ved kysten av Japan etter en katastrofe på havet. Mannskapet blir tatt til fange og anklaget for piratvirksomhet. Blant dem befinner seg den britiske navigatøren John Blackthorne, en kunnskapsrik mann med dyp forståelse for geografi, militære strategier og matematikk, samt en sterk vilje. Skjebnen til Blackthorne og de andre fangene ligger i hendene på den lokale feodalherren, hvis ankomst avventes med stor spenning av landsbyens innbyggere. Ryktene om Blackthornes talent når til prins Toranaga-no Minovary, en av Japans mektigste herrer. Toranaga beslutter å ta Blackthorne under sin beskyttelse og har ambisiøse planer om å utnytte hans kunnskaper i kampen om makt. For å overleve i dette fremmede landet må Blackthorne lære språket og tilpasse seg de lokale skikkene, mens han går inn i samuraienes verden. Til tross for disse forpliktelsene, forblir tankene hans preget av et håp om en dag å kunne vende tilbake til sitt eget hjemland.
