Kongens flukt tar oss med tilbake til en av Norges mest dramatiske perioder, fra 9. april til 7. juni 1940. I løpet av disse to månedene skjer det utrolige hvor Kong Haakon VII, kronprinsen, og regjeringen tvinges til å forlate landet i en panikkartet flukt gjennom Sør-Norge. Reisen deres er preget av intens frykt og usikkerhet, der de må navigere gjennom områder hvor NS-sympatier er utbredt. Med blytunge biler på dårlige og mudrete veier, lider de under søvnmangel og mangel på mat, alt mens de constant frykter angrep fra tyske bombefly. Statsminister Nygaardsvold er en av dem som sliter mest; med en overveldende følelse av ansvar trygler han kongen om å trekke seg, men blir bekreftet i sin stilling. Da de endelig når Tromsø, er situasjonen uhyggelig, med krigshandlinger som raser og svik fra de allierte på alle fronter. Kongen og kronprinsen står overfor skjebnesvangre beslutninger som vil forme Norges fremtid.
