I en verden der kaiju – gigantiske, dødelige monstre – utgjør en konstant trussel mot menneskeheten, drømmer Kafka Hibino om å bli en del av Japan Defense Force, den militære organisasjonen som har som oppgave å bekjempe disse monstrene. Som en kaiju-kropp rengjøringsmann har Kafka alltid sett opp til heltene i forsvaret og lengtet etter å kjempe ved siden av sin barndomsvenn Mina, som allerede har sikret seg en plass som kaptein i Tredje divisjon. Men når Kafkas drøm endelig ser ut til å bli virkelighet, skjer det noe uventet – han gjennomgår en metamorfose og blir selv en kaiju! Hvordan skal han nå kunne bekjempe de monstrene han alltid har fryktet, når han har blitt en av dem? Med de høyeste forekomstene av kaiju i verden, står Kafka overfor en ny virkelighet der han må navigere i disse utfordrende omstendighetene. En plutselig endring i reglene gir ham en ny sjanse til å bli med i Forsvaret, men han må samtidig håndtere konsekvensene av sin nyfunne tilstand. Vil Kafka klart å oppfylle løftet til Mina og kjempe for menneskeheten, eller vil han bli en del av trusselen han alltid har ønsket å bekjempe?
