Kafka drømmer om å rydde opp etter kaiju, men ikke bokstavelig talt! Vil en plutselig metamorfose stå i veien for hans drøm? Japan er kjent for de høyeste kaiju-forekomstene i verden og er derfor ikke fremmed for angrep fra dødelige monstre. Her kommer Japan Defense Force inn i bildet, en militær organisasjon med oppgave å nøytralisere kaiju. Kafka Hibino, en renholdsarbeider for kaiju-kropper, har alltid hatt som mål å bli med i denne styrken. Men når han får en ny sjanse til å realisere barndomsdrømmen sin, gjennomgår han en uventet forandring. Hvordan kan han bekjempe kaiju nå som han selv har blitt en av dem?! Kafka kjemper mot en humanoid kaiju og redder både Iharu og Reno. Men før han rekker å returnere til sin menneskelige form, blir han oppdaget av officerer fra Defense Force, og nøytraliseringsenheten - ledet av ingen ringere enn vise-kaptein Hoshina selv - blir sendt for å kvitte seg med ham. Kan Kafka stå imot angrepene fra sin overordnede uten å avsløre sin sanne identitet?!
