En ny bølge av drap utført av ukjente livsformer herjer nå Tokyo, og kun én helt kan stoppe det hele: Kamen Rider Kuuga! Godai og Ichijo går sammen for å forhindre at et monstrøst vesen myrder unge skoleelever, men Kuuga sliter med å mestre sine mystiske krefter. Samtidig vekker åndesteinene den eldgamle kraften til Agito, som nå er på rømmen i verden!
