I det oversvømte ødeland av ruiner og anarki, som en gang var Neo-Tokyo, reiser det seg et nytt rike – Great Tokyo Empire. Dette imperiet er befolket av en blanding av fanatikere og gale som både dyrker og frykter Akira, den formidable skapningen med uante krefter, samt den gale statsministeren Tetsuo. Verden forbereder seg på å møte denne trusselen, og de militære styrkene på planeten samles for å konfrontere imperiet. Men vil teknologiens mest avanserte våpen være tilstrekkelig for å nedkjempe Akira? Og i tillegg, er de raskt voksende paranormale evnene til Tetsuo en enda større trussel enn selve Akira?
