I et lovløst bosetning i Skrapbyen, dypt under den mystiske rombyen Zalem, gjør den diskrediterte cyber-legemiddeleren Daisuke Ido et merkelig funn: hodet av en cyborg-kvinne som har mistet alle minnene sine. Han gir henne navnet Alita og utstyrer henne med en kraftig ny kropp, Berserker. Selv om Alita ikke husker detaljer fra sitt tidligere liv, vekker et øyeblikk av desperasjon en glød i nervesystemet hennes, som minner om den legendariske kampsportskolen kjent som Panzer Kunst. Boken tar leseren med på en spennende reise gjennom Alitas oppdagelse av sin identitet og hennes kamp for å navigere i en brutal verden, mens hun begynner å hente frem ferdighetene som kan endre skjebnen hennes.