I 'My Little Monster 3' møter vi Mizutani, en selvopptatt overprestasjonselev som kun er fokusert på å oppnå de høyeste karakterene på skolen. På den andre siden har vi Haru, en impulsiv og kortluntet skikkelse som skremmer alle med sine eksplosive utbrudd av vold. Hendelsene tar en uventet vending da Haru, på sin første skoledag, får seg en suspensjon etter å ha konfrontert mobbere som trakasserer en annen elev, og han bruker kraft og vold for å sette dem på plass. Mizutani får i oppgave å levere skolematerialer til Haru, som feilaktig tolker dette som et vennlig gest. Denne misforståelsen fører til at Haru klamrer seg til Mizutani, noe som skaper både irritasjon og forviklinger for den studiemotiverte jenten. Dermed begynner et merkelig og lidenskapelig forhold mellom de to!
