I den teknologisk avanserte byen No. 6 lever Shion, en utmerket elev, et liv som er nøye tilpasset. Hverdagen hans består av skole, studier og sporadiske besøk hos vennen og klassekameraten Safu. Alt går sin gang inntil en skjebnesvanger dag, da han tar et uventet valg. I stedet for å følge rutinene, gir han ly til en skadet gutt under en tyfon. Denne gutten, kjent som Rat, lever som en omvandrende for det meste usett, utenfor den kontrollerte og datastyrte strukturen av No. 6. Beslutningen om å hjelpe Rat setter Shions liv på hodet, og han blir kastet inn i en virvelvind av hemmeligheter som avdekker den skremmende sannheten bak byens tilsynelatende perfekte fasade.
