I det høyteknologiske samfunnet No. 6 er Shion en fremstående student som lever et liv preget av strenge rutiner. Hverdagen hans består av skolegang, studier og sporadiske møter med vennen og klassekameraten Safu. Alt foregår etter en nøye planlagt koreografi. Men en skjebnesvanger dag tar han et feilgrep når han tilbyr ly til en skadet gutt under en tyfon. Gutten, kjent bare som Rat, er en VC – en flyktning som lever utenfor den kontrollerte, datastyrte virkeligheten i byen. Å hjelpe Rat setter Shions liv på hodet og fører ham inn i en reise hvor han avdekker de avskyelige hemmelighetene som skjuler seg bak den overfladiske perfeksjonen av No. 6.
