I den teknologisk utviklede byen No. 6 lever Shion, en elitestudent, et liv som er nøye planlagt. Hverdagen hans er preget av skolegang, studier og sporadiske besøk hos vennen og klassekameraten Safu. Alt dette endres dramatisk en skjebnesvanger dag når Shion tar et uventet valg: han gir ly til en skadet gutt under en tyfon. Gutten, kjent som Rat, er en såkalt VC - en flyktning som lever utenfor det kontrollerte og datastyrte samfunnet i No. 6. Å hjelpe Rat fører Shion ut på en veie som han aldri hadde forventet, og han avdekker snart de grufulle hemmelighetene som skjuler seg bak byens tilsynelatende perfekte fasade.
