I den teknologisk avanserte byen No. 6 lever Shion, en eliteelev, et nøye planlagt liv preget av skole, studier og sporadiske besøk til venninnen og klassekameraten Safu. Historien tar en dramatisk vending når Shion en skjebnesvanger dag tar en beslutning som vil forandre alt. Han gir husly til en skadet gutt under en tyfon, en gutt som bare er kjent som Rat. Rat er en VC – en fugitive som lever utenfor den kontrollerte og datastyrte strukturen i No. 6. Den hjelpen Shion gir, setter i gang en kjede av hendelser som kaster livet hans ut i kaos og fører ham inn på en vei der han oppdager de grusomme hemmelighetene som skjuler seg bak den tilsynelatende perfekte fasaden av byen No. 6.
