Shinichi Izumi er en vanlig tenåring som bor med foreldrene sine i et rolig nabolag. Livet hans forandres dramatisk når utenomjordiske parasitter invaderer jorden. Disse orm-lignende skapningene infiltrerer menneskekropper gjennom ørene eller nesene, og tar kontroll over hjernene deres. Mens Shinichi sover, prøver en av parasittene å kryper inn i øret hans for å overta hjernen, men blir stoppet av hodetelefonene hans og graver seg i stedet inn i hånden hans. Dette fører til en uventet og fascinerende situasjon der Shinichi og parasitten, Migi, må samarbeide for å bekjempe invasjonen av nabolaget. Med separate intellekter må de navigere gjennom en ny virkelighet, der ikke alle er hva de ser ut til å være.
