I dette helt nye kapitlet fylles det inn hull mellom "The Ghost in the Shell: Human-Error Processor" og "Man-Machine Interface" i en intens cyberpunk-thriller skrevet av Junichi Fujisaku, manusforfatteren bak "Ghost in the Shell: Stand Alone Complex." Dette kommer samtidig med lanseringen av den nye anime-serien "Ghost in the Shell: SAC_2045" på Netflix! Historien tar oss med på en nervepirrende jakt der Togusa og Tsunagi er i hælene på en mistenkt, når en varebil brått kolliderer med den mistenktes bil, med fatale konsekvenser for varebilens sjåfør. Når Togusa kobles til den dødes cyberhjern, får han fragmenterte bilder av en gruppe barn og en maskert skikkelse som sier: "Jeg er en kriger." En senere obduksjon avdekker en sjokkerende sannhet: sjåføren døde ikke av kollisjonen, men av et nevrotoksin hentet fra giften til den afrikanske svarte mambaen. Seksjon 9 er i desperat behov for svar, og Togusa og Tsunagi sendes på en reise til Sahel spesialøkonomiske sone. Hvilke mystiske hendelser venter dem i denne "oasen i Sahara"?
