I "Tying the Knot with an Amagami Sister 6" møter vi Uryu Kamihate, en ambisiøs medisinstudent som tilsynelatende bare ønsker å komme inn på medisinstudiet. Problemet er at hans fosterfar, som driver et tempel, har andre planer – han ønsker at Uryu skal gifte seg med en av de tre prestesøstrene på tempelet. Yae med sin uimotståelige sjarm, Yuna som er arbeidsom og dedikert, og den sporty Asahi, hver av dem har sine unike egenskaper som gjør dem fengslende ... men de er alle miko! Tempelet Amagami forbereder seg på sitt årlige festival, og de tre søstrene er i full gang med forberedelsene. Men når kreditorene banker på døren og tempelet står på randen av konkurs, blir spørsmålet: Kan en ateist og tre prestesøstre legge til side sine forskjeller lenge nok til å stå sammen mot stormen?
