Uryu Kamihate er en ateist med en drøm om å komme inn på medisinstudiet, men han står overfor en uventet utfordring. Hans adoptivfar driver et tempel og har høye forventninger til Uryu; han må velge en av tre prestesøstre å gifte seg med. Blant dem finner vi den impulsive Yae, den hardtarbeidende Yuna, og den sporty Asahi, hver med sine unike sjarm og personlighet. Når Amagami-helligdommen forbereder seg til sitt årlige festival, er det en spennende tid for de tre søstrene, men situasjonen tar en dramatisk vending. Gjeld og økonomiske problemer truet helligdommen, og Uryu, sammen med de tre prestesøstrene, må navigere gjennom sine ulikheter for å redde templet fra konkurs. Kan denne usannsynlige kvintetten forene sine krefter for å overkomme motgang og finne felles grunn?