I 'Mass Effect: Deception' fortsetter den helt nye og originale historien som ble startet i de tre første Mass Effect-bøkene. Hovedpersonen, Gillian, har tidligere vært utsatt for grusomme vitenskapelige eksperimenter, men etter sin redning er hun i ferd med å mestre de fantastiske kreftene hun besitter. Når hun imidlertid blir påvirket av en radikal gruppe som mener deres evner gjør dem overlegne vanlige mennesker, står hun overfor et vanskelig valg mellom sin skjebne og sin menneskelighet.
