I 'Bungo Stray Dogs: Another Story, Vol. 2' får vi en sjokkerende nyhet: Natsuhiko Kyougoku er i live. Denne overraskende informasjonen når Special Division for Unusual Powers, hvor den ferske agenten Mizuki Tsujimura tar på seg oppdraget med å finne ut mer. Men når hun møter den uortodokse detektiven Yukito Ayatsuji for å dele informasjonen sin i hemmelighet, blir de plutselig angrepet av en mystisk gruppe. Spenningen øker, og agentene må navigere i en farlig situasjon hvor hver avgjørelse kan være skjebnesvanger.
