Shido's liv har blitt merkbart mer komplisert etter at Tohka begynte på skolen hans. Dynamikken mellom henne og Origami kan ofte bli intens, selv på de minste ting. I det siste har han imidlertid funnet en viss ro hjemme, men dette er ikke lenge før situasjonen hans tar en ny vending. Shido får nemlig beskjed om at han skal dele bolig med Tohka som en del av sitt nye 'trening' program. Mørke skyer truer over hverdagen hans når han, i en uventet storm, snubler over en ny Spirit. Litt som man sier: Når det regner, så høljer det. Hvordan vil denne nye utviklingen påvirke livet til Shido, og hvilke utfordringer vil han måtte møte når de skjebnesvangre elementene begynner å oppstå igjen?
