I kampen for menneskehetens overlevelse gjenstår det kun ett siste håp... Menneskene taper krigen. Master Sergeant Reed Beckham og de overlevende fra 1. tropp må kjempe seg gjennom tunneler, der de gjør en grufull oppdagelse. Dr. Kate Lovato arbeider med utviklingen av et nytt biologisk våpen for å utrydde Variantene, men en forlatt Marine Destroyer krasjer inn i Connecticut-kysten, og med dette kommer enda en trussel. Mens dommedagsklokken tikker ned og militærbaser faller over hele landet, er menneskeheten på randen av utryddelse. Vil de stå imot - eller vil menneskeheten forsvinne fra jordens overflate?
