Etter å ha blitt fanget av Magus Sisters, ser utsiktene dystre ut for Shogo og hans eventyrlige følge. Cindy er svært interessert i hans 'Libra'-evne, og hun vil stoppe ved ingen midler for å få tak i den for seg selv. Spenningen stiger i denne tredje delen av 'Final Fantasy Lost Stranger', hvor vennskap, lojalitet og kampen mot onde krefter settes på prøve.
