Det har gått nesten ett år siden Natsumi og familien hennes flyttet fra byen Onigafuchi. Natsumi, som har funnet seg godt til rette i sitt nye liv med nye venner og skoleglede, står overfor en dramatisk forandring. Hennes bestemor, opprinnelig fra landsbyen Hinamizawa, frykter at de vil bli utsatt for en forbannelse for å ha forlatt fjellene. En forferdelig gassexplosjon i Hinamizawa ødelegger hele landsbyen, noe som får bestemor til å tro at dette er resultatet av gudens vrede, Oyashiro-sama. Mens Natsumis familie tidligere har avfeid bestemors tro som overtro, ser de nå hennes fanatiske hengivenhet for Oyashiro-sama ta en skremmende vending. Har kvinnens overbevisninger gått for langt, og hva betyr dette for Natsumi og hennes skjebne?