I den tredje volummen av "Prison School" tar den skyggeaktige elevrådet affære for å få guttene ut av akademiet. Deres plan, kjent som E.B.O. (Expel the Boys Operation), settes i gang med utrettelig besluttsomhet. Samtidig må guttene også navigere gjennom sitt eget interne kaos. Shingo fortsetter å plage Kiyoshi, og Gackts Guan Yu-figur havner plutselig i en prekær situasjon. Mens E.B.O. pågår uten stopp, begynner Kiyoshi og hans venner å oppleve hvordan deres vennskap og bånd sakte, men sikkert blir knust. Er virkelig utvisning den eneste løsningen for dem, eller finnes det en annen vei ut av denne trøblete situasjonen?
