Etter å ha slått ned opprøret i Aldegia, returnerer Koujou og vennene hans til Itogami-øya, bare for å oppdage at situasjonen har endret seg dramatisk i løpet av deres fravær. Gigafloat Management Corporation har blitt kapret, og krig truer mellom demonklaene om kontroll over området. Igjen blir den Fjerde Primogenitor trukket inn i konfliktens sentrum, samtidig som gjerningspersonens egentlige intensjoner forblir ukjente. Spenningen stiger når gamle fiender gjenoppstår, og nye allianser formes i en kamp om makt og overlevelse.
