For å stenge Keystone-porten og forsegle portalen til Nod, tar den japanske regjeringen beslutningen om å ødelegge Itogami-øya. I denne kritiske situasjonen blir Yukina og Natsuki sendt til den dypeste delen av strukturen. Når øyeblikket for å trekke avtrekkeren nærmer seg, står Yukina overfor en vanskelig avgjørelse mellom å følge ordre eller beskytte øya hun har en dyp kjærlighet til. Midt i dette dilemmaet dukker Kojou, som har gjenvunnet sine vampyriske krefter, opp for å motsette seg hennes valg. Historien om verdens mektigste vampyr og hans vokter nærmer seg nå sitt spennende klimaks!