To år etter at Kirito våknet i en mystisk fantasiverden, fortsetter han og hans merkelige menneskelignende NPC-venn, Eugeo, sitt oppdrag for å bli Integritetsriddere og samtidig lete etter Alice, som forsvant for lenge siden, men som fortsatt hjemsøker Kiritos tanker. Deres reise fører dem til det keiserlige sverdakademiet, hvor de må trene for å bli blant de tolv beste av klassekameratene for å få muligheten til å se Alice igjen. Samtidig, mens Asuna desperat leter etter Kazuto Kirigaya, snubler hun over en dypere hemmelighet i hans nye verden...
