To år har gått siden Kirito trådte inn i en ny, mystisk fantasyverden og møtte gutten Eugeo. På Northern Centoria Master Swordsmanship Academy har de to avansert til å bli høyere rangerte trainee-sverdsmenn. I hverdagen deres fokusert på trening, drømmer de om å oppnå rang som Integrity Knight, de mest fremtredende fredskjemperne i menneskeverdenen. I takt med rangene sine, får både Kirito og Eugeo tildelt lærlinger, noe som styrker båndene mellom dem mens de perfeksjonerer både kropp og sinn. Men fredelige dager blir brått truet når en ondskap viser sitt sanne ansikt. Eugeo forsøker å dra sverdet sitt for å kjempe, men står maktesløs når han mottar en melding med uforklarlige ord. De sier – SYSTEM ALERT.
