Historien om Sword Art Online fortsetter med tre sidehistorier som finner sted i Aincrad- og Alfheim-periodene. Dødslekene har etterlatt sine spor hos hver spiller på forskjellige måter – når en spiller blir funnet død på femti-sjuende etasje, blir det klart at noe mistenkelig skjer, og det er opp til Asuna og Kirito å løse mysteriet. Vi får også fortalt hvordan Kirito fikk tak i sitt berømte Excalibur-sverd i Alfheim, takket være hjelp fra sine venner. I løpet av de første dagene av dødsleken lærte Kirito en vanskelig lekse som han aldri vil glemme.