Tre år etter hendelsene i Sword Art Online, dykker Kirito inn i en ny og oppdatert versjon av Aincrad, nå kjent som Ainground, i det nye VRMMO-spillet Sword Art: Origin. I løpet av sitt eventyr i denne virtuelle verdenen gjenforenes han med gamle venner, samtidig som han møter nye bekjentskaper. Underveis støter han på en mystisk jente som kan ha en sentral rolle i det som vil utvikle seg videre. Sammen opplever de både utfordringer og overraskelser i en kompleks spillverden fylt med farer og mysterier.
