Etter å ha overvunnet en farlig konfrontasjon med Black Poncho Man og fullført den femte etasje i Aincrad, er Kirito og Asuna klare for neste utfordring – en sone fylt med... gåter? For å gjøre ting enda mer kompliserte, må de navigere i et anspent maktspill mellom to store gjenger som begge sikter seg inn på det samme objektet, 'The Flag of Valor'. I tillegg må de være forsiktige med en morderisk PK-gruppe som lurer i skyggene. Etter hvert som problemene hoper seg opp, går Kirito og Asuna inn i den sjette etasje av Aincrad uten å ane hvilken ondskapsfull felle som venter dem!
