Etter å ha avsluttet et tidssyklus-fiasko i "The Disappearance of Haruhi Suzumiya" (Vol. 5), er vår protagonist Kyon klar for å starte et nytt år med et rent lerret – ingen tidreise, ingen apokalyptiske bekymringer, og kanskje litt faktisk fred og ro med SOS Brigade, klubben som består av hans videregående skoles mest extraordinære elever. Deres leder er Haruhi, en modig og impulsiv jente som ikke vet at hun faktisk er en mektig gudinne, hvis humør lett kan endre universets balanse. Når Kyon begynner å føle seg komfortabel, får han plutselig besøk av sin venn Mikuru. Men dette er ikke hans Mikuru; det er en Mikuru fra åtte dager i fremtiden! Tidreise-kaoset begynner på nytt når Kyon, ledet av den fremtidige Mikuru, prøver å stoppe en skrekkelig fremtid fra å bli virkelighet.
