Året er 2095, og magi har blitt temmet som en form for teknologi, der utøvelsen av magi nå er en streng disiplin. Søskenparet Tatsuya og Miyuki Shiba står på terskelen til sitt første år ved den anerkjente Første Magiskole i Japan. Imidlertid betyr skolens strenge regler at den lysende Miyuki blir plassert i det prestisjetunge Kurs 1, mens hennes eldre bror, Tatsuya, havner i Kurs 2. Dette markerer bare begynnelsen på deres utfordringer!