I 'Living-room Matsunaga-san 3' møter vi den unge videregående eleven Miko 'Meeko' Sonoda, som står overfor en ny hverdag etter at foreldrene hennes reiser for å ta seg av den syke bestemor. Meeko flytter inn i onkelens internat, der hun raskt blir kjent med de underlige og varierte innbyggerne - inkludert den grinete, men uimotståelige Matsunaga-san, som er husets mor. Når Meeko prøver å tilpasse seg sitt nye liv, oppdager hun med hjelp fra sine nye venner hvordan man kan håndtere overgangen fra barndom til ungdomstid. I denne prosessen blir hun også klar over sine egne følelser, spesielt når hun begynner å utvikle en romantisk interesse for Matsunaga-san. Dette er en hjertevarmende og gripende fortelling om å lære seg selv å kjenne, vennskap og den første kjærlighetens kompleksiteter.