Mens Alliance-flåten fortsatt er i en farlig retrett gjennom fiendens stjernesystem, står de overfor overmakten til Syndicate Worlds, både når det gjelder styrker og ildkraft. Ledet av den legendariske kaptein John "Black Jack" Geary, kjemper Alliansen desperat for å finne veien hjem med sitt verdifulle bytte: nøkkelen til Syndic hypernet. Spenningen øker når fiendtlige krefter lurer bak hvert hjørne, og Geary må navigere gjennom en tilstand preget av frykt og usikkerhet for å sikre både sitt mannskap og fremtiden til Alliansen.