I flere år har Alex Pullman og professor Shaw vært på jakt etter en skjult planet utenfor Pluto. Det de finner, viser seg å være enda mer fantastisk: et romskip kalt 'The Ark', som er på vei mot Jorden. Men det er ikke bare forskerne som er involvert i denne oppdagelsen. General Arnold J. Bernstein III leder militære styrker, og hans blikk er kun rettet mot den potensielle trusselen. Med menneskehetens fremtid på spill oppstår det en konflikt mellom de militære og vitenskapelige tankene, da de rush i å bestemme hvordan de skal håndtere situasjonen. Den pågående 'konflikten' mellom Alex og Bernstein tar 'The Ark' med på en episk og farlig reise gjennom tid og rom.
