Etter å ha fullført førti nivåer av Tsukuyomi Akademiets fangehull alene på rekordtid, får Kousuke endelig tilbud om å bli med i Tsukuyomis innflytelsesrike Tre Komiteer. Mens han fortsetter å gjøre alt han kan for å sikre at han og vennene hans får en lykkelig slutt, begynner Kousuke å ane at noe merkelig har skjedd med Iori Hijiris yngre stesøster, Yuika. Det som skulle være en lettløsbar situasjon, utvikler seg raskt til noe langt mer komplisert når Kousuke innser at han har trådt inn på en ny rute som selv ikke han har noe kjennskap til!
