I "The Spirit Gene" følger vi Brett Roberts, en molekylærbiolog som drar til Amazonas-regnskogen for å undersøke den genetiske forbindelsen mellom menneskehetens åndelighet og biologi. Inspirert av en mystisk hallusinogen opplevelse, får Brett sitt første glimt av en portal til åndelig bevissthet. Han er fast bestemt på å finne en biologisk forklaring på denne opplevelsen, og begir seg inn i bioteknologiens verden, hvor han eksperimenterer med ulike prosjekter ettersom feltet utvikler seg. Bretts søken fører ham til urfolkene i Amazonas, hvor han under veiledning av en Yanomami-sjaman opplever en enda mer opplysende møte med stoffet yopo. Svaret på det ultimate spørsmålet er nær ved, men Alfred Ruiz, en skurkaktig forsker fra São Paulo som har fulgt Bretts eksperimenter i mange år, er fast bestemt på å stoppe ham.
