I den andre utgaven av "Neptune" tar historien et dramatisk vendepunkt. Etter et mislykket forsøk på å trenge inn i verdensskipet og kontakte menneskene ombord, har utforskerteamet blitt utsatt for dødelige nanoroboter. Marie, utstyrt med en forbedret Mantris-kropp, er den eneste som klarer å stå imot denne faren. Sammen med Kim, som også viser seg å være immun, tar de en modig beslutning: De vil forsøke igjen å trenge inn i skipet. Tid er imidlertid en avgjørende faktor, ettersom jordens myndigheter vurderer å ødelegge det enorme fartøyet, samt dets skjebnesvangre innhold og de mystiske menneskene som bor der. Spenningen øker når Marie og Kim må navigere gjennom denne teknologiske trusselen for å avdekke sannheten om hva som skjuler seg i det ukjente.
