En solfylt ettermiddag på universitetsområdet, og en regnfull natt på togstasjonen; skjebnen førte Arikawa og Misaki sammen. De kjente ikke hverandres navn eller noe om hverandre, men fra dette tilfeldige møtet begynte en vakker historie å ta form. Etter hvert som tiden går, ser det ut til at avstanden mellom dem gradvis reduseres, noe som gir rom for forbindelser og følelser de aldri kunne ha forutsett. 'Only the Flower Knows Vol. 1' utforsker de delikate båndene som utvikler seg mellom to unge mennesker som navigerer livet, kjærligheten og usikkerheten som følger med det å bli kjent med hverandre.